被佩恩一眾（長門）殺死。
為了調查曉組織的情報，獨自一人潛入雨忍村，后遭遇佩恩一眾，經過一場大戰，因死之前沒有完全掌握佩恩一眾能力，導致體力和查克拉耗盡。最后被佩恩五道打入水底，而蛤蟆仙人深作則成功逃回木葉。但之后的第四次忍界大戰中，藥師兜一直沒能找到自來也和宇智波止水的尸體，所以沒有被穢土轉生復活。
角色經歷——
1、自來也與大蛇丸、綱手為木葉隱忍者學校的同期學員。被分配到三代目火影猿飛日斬所帶領的班級。
2、但自來也另尋其路，在陰差陽錯地穿越到妙木山后拜見了大蛤蟆仙人，從此開始在妙木山修行，通過自己堅持不懈的努力，自來也學會了一系列極強的忍術，其中包括仙術。
3、在第二次忍界大戰中，綱手與自來也、大蛇丸聯手跟雨隱村頭目“山椒魚半藏”對戰。其他木葉忍者死傷過半，只有他們三人能支持到最后，半藏因此賦予他們“木葉三忍”的稱號。
4、隨后雨隱村的一次任務中，他們三人偶遇三名雨隱村的孤兒，分別是彌彥、小南和長門。原本大蛇丸想殺死三個戰爭孤兒，但他們因為有自來也的維護而存活了下來，更得到自來也傳授忍術。
后來彌彥已死，長門和小南聯手阿飛創建曉組織，最后殺死潛入雨忍村的自來也。自來也也是彌彥、小南和長門的老師
從火影的角度來說，自來也已經死透了，這不是我們這些粉絲多么不愿意就能改變的東西。
但是！如果從池本干雄執筆的《博人傳》的角度來說，自來也還真有可能活下去！畢竟池本干雄都能讓被十尾尾獸玉轟炸的青復活。
青當時可是一點活下去的機會都沒有的，如果池本讓自來也復活，我們腦洞大開一下，就能發現這么幾個細節可以利用：
1.自來也背后的卷軸。
那個神秘的、我們至今都不知道有什么作用的巨大卷軸，在自來也臨死之前的某個鏡頭里消失了。
此前自來也一直背著它，池本干雄完全可以設計成自來也利用那個卷軸里的什么禁術保了命。
2.佩恩沒有親手殺了自來也。
佩恩對自來也造成的最后傷害，僅僅導致了自來也心臟停跳。自來也靠著毅力恢復心跳后在深作身上刻下暗號，佩恩此時沒有對自來也發動最后一擊，而是想要遠程殺掉深作。
這一拳瞄準的是深作的位置，打碎了自來也趴著的那塊石板，卻沒有對自來也造成進一步的傷害。自來也此后掉進水里，已經處于瀕死狀態，佩恩也沒有再追殺。
既然佩恩沒有親手殺掉自來也，池本完全可以再讓自來也游泳游出來……
3.穢土轉生沒有自來也。
第四次忍界大戰中大規模的穢土轉生，沒有自來也的身影，兜對此的解釋是自來也尸體陷入深海無法找到：
聽起來合情合理是吧？錯！不合情不合理！
自來也跟佩恩在雨隱村開戰，雨隱村地處內陸，哪來的深海？就算終年下雨，也不可能硬生生下出來一個“深?！眮碜屪詠硪病俺寥搿卑?？
池本也完全可以利用這個地方嘛！就說自來也之所以沒有尸體，不是因為在深海里而是因為壓根就沒死，兜說那些話是在逗帶土玩呢……
反正池本想怎么畫怎么畫，青都活下來了，自來也還遠嗎。
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